Esternamente si presenta oggi nell'aspetto impressole dall'imponente ristrutturazione ottocentesca che fece seguito al grave danneggiamento subito dall'edificio durante il terremoto del 1851. L'opera di restauro e ampliamento ha però praticamente inglobato al suo interno l'antica chiesa la cui fisionomia appare ancora riconoscibile una volta entrati ed oltrepassato l'avancorpo ottocentesco.
L'impianto originario della basilica attualmente dedicata a San Sabino (1) è infatti con tutta probabilità l'ultima fondazione in ordine di tempo riconducibile alla sua committenza.
Si tratta di un impianto a croce latina con tre navate, transetto ed un'unica abside semicircolare in cui si aprono tre finestre e coperto da 5 cupole (3 lungo l'asse longitudinale e 2 sui bracci del transetto).
Le pareti della navata centrale, che comunica con quelle laterali per mezzo di sei arcatelle, sono caratterizzate da una non perfetta perpendicolarità con il piano di calpestio, molto probabilmente esito di ripetuti eventi sismici. La chiesa originaria era inoltre preceduta da un vasto atrio.

Tutte le colonne – in numero di 18 - su cui s'impostano gli arconi che sostengono le cupole sono di spoglio, a differenza dei capitelli, parte dei quali furono realizzati quando la chiesa fu costruita.
Recentemente, asportando l’intonaco che rivestiva l’interno della cupola del braccio destro del transetto, è stata portata allo scoperto la muratura originaria che si è rivelata realizzata in tufelli a formare 33 cerchi concentrici resi con mattoncini, alcuni dei quali con il celebre monogramma del vescovo Sabino, e al centro una croce greca realizzata con tasselli di pietra lavica, leggermente a nord della croce si trova inoltre inserito un altro tassello di questa pietra.
In questo braccio del transetto, al di sopra della porta che introduce alla sacrestia, si notano inoltre i resti di un affresco databile XI-XII secolo recentemente riscoperto (2013) che raffigura la Crocefissione e che molto probabilmente apparteneva ad un ciclo più esteso.
Si riconoscono il braccio destro del Cristo, l'angelo sul braccio della croce e, ai piedi della croce, il gruppo delle Tre Marie (il volto della Vergine è stato riportato in luce), sulla destra parte del popolo che assiste e sullo sfondo la città di Gerusalemme. Da notare, ai lati della croce, la presenza dei simboli del sole e della luna. Nel corso del tempo la chiesa venne comunque rimaneggiata in varie occasioni (la ristrutturazione avvenuta intorno al 1080 sotto il vescovo Ursone, ad esempio, venne a lungo ritenuta l'atto di fondazione dell'edificio) fino al massiccio intervento di fine '800 (2).

Interamente scolpito in marmo grigiastro, è formato da una cassa quadrata sostenuta da quattro arcatelle impostate su altrettante colonne con capitelli a fogliame stilizzato. Dalla fronte della cassa sporge il lettorino semicilindrico con un'aquila ad ali spiegate che tra gli artigli stringe una testa umana e con il capo sostiene il leggìo decorato da una protome leonina.
Sulla cornice superiore della fiancata destra si legge:

P(er) IUSSIONEM D(omi)NI MEI GUITBERTI VEN(erabili)S P(res)B(ite)R EGO ACCEPTUS PECCATOR ARCHIDIAC(o)N FECI HOC OPUS

Il nome di Acceptus, che però in questo caso si qualifica come sculptor, accompagnato dalla data di esecuzione (1040), figura anche nei frammenti del pulpito rinvenuti nella chiesa di San Michele a Monte Sant'Angelo che appaiono da un lato formalmente simili e dall'altro stilisticamente diversi dall'ambone canosino. Differenze di stile che sono state interpretate sia nel senso di una datazione più precoce sia in quello di una più tardiva di quest'ultimo.
Lasciando irrisolto il nodo della datazione, si potrebbe però anche ipotizzare l'esistenza di un maestro ideatore (Acceptus) che si sia servito di maestranze diverse pe la realizzazione dei due amboni.

Al centro dell'abside è attualmente collocato il seggio episcopale, opera eseguita dallo scultore Romualdo per Ursone, vescovo della diocesi unita di Bari e Canosa (1080-1089), come si evince dall'iscrizione posta all'esterno del bracciolo sinistro.
Di ispirazione bizantina, la cattedra è costituita da un altissimo sedile con alla base una predella decorata da due aquile che poggia su due elefanti portatori. Nell'insieme da l'idea di risultare dall'assemblaggio di due manufatti di stile diverso. La severa sobrietà della parte superiore, ricavata nello stesso marmo grigiastro dell'ambone, contrasta infatti nettamente con la ricchezza orientaleggiante dell'apparato decorativo della parte inferiore scolpita in un marmo d'intonazione molto più calda. Probabilmente Romualdo rimaneggiò per Ursone una cattedra vescovile preesistente, coeva all'ambone ed opera della stessa bottega. Alcune incongruenze strutturali (la sopraelevazione elevatissima del sedile e l'assenza di un poggiapiedi) fanno inoltre pensare che la cattedra fosse più che altro destinata a “rappresentare” il vescovo in sua assenza piuttosto che ad accoglierlo fisicamente.

Note:

(1) La chiesa, originariamente dedicata ai martiri romani SS.Giovanni e Paolo fu ridedicata al santo vescovo canosino da papa Pasquale II nel 1102. Agli inizi del IX secolo il vescovo Pietro aveva già fatto traslare in questa sede i resti del santo dal luogo originario di sepoltura.
(2) I resti del porticato colonnato che si vedono accanto al Mausoleo di Boemondo – che fu addossato alla parete meridionale del transetto poco dopo il 1111 – sembrano invece risalire al XV-XVI sec.